C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
现代幽灵寄宿在「手机」！你的手机里也有── 打架正好。破坏万岁。靠着极尽暴虐之能事的影片企划大赚一笔的炎上系直播主「煽火苹果」，缘城苍吏15岁。 苍吏在大众认知是麻烦精的化身，但实际是最喜欢妹妹与甜点的温柔哥哥。 争议影片也只不过是为了帮体弱多病的妹妹筹措庞大医药费的手段，即使被全人类讨厌，只要妹妹健康就是幸福。直到最爱的妹妹发生变异── 祓除电子化的幽灵！学园×灵媒×动作奇幻故事开幕！
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。 欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。 与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。 其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。 正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路—— 围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
