一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。
现代幽灵寄宿在「手机」！你的手机里也有── 打架正好。破坏万岁。靠着极尽暴虐之能事的影片企划大赚一笔的炎上系直播主「煽火苹果」，缘城苍吏15岁。 苍吏在大众认知是麻烦精的化身，但实际是最喜欢妹妹与甜点的温柔哥哥。 争议影片也只不过是为了帮体弱多病的妹妹筹措庞大医药费的手段，即使被全人类讨厌，只要妹妹健康就是幸福。直到最爱的妹妹发生变异── 祓除电子化的幽灵！学园×灵媒×动作奇幻故事开幕！
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。 欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。 与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。 其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。 正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路—— 围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
